Az Orvosi Mikrobiológiai Intézetben minden oktató munkatárs egyben mikrobiológiai laboratóriumi diagnosztikai betegellátási feladatokat is ellát, ami biztosítja a szakmai hátteret a graduális és posztgraduális oktatási tevékenységhez. Az orvosi mikrobiológia minden egészségügyi graduális képzésben alaptantárgynak minősül és a Debrecenben oktatott egészségügyi szakokon az intézet munkatársai látják el a tárgy oktatását szakok igényeihez igazított tematika alapján. A posztgraduális képzési feladatok az egészségügyi szakképzést, továbbképzést és a PhD képzést jelentik. Az előbbiben a mikrobiológiai laboratóriumi diagnosztikai tevékenységet végző oktató munkatársak tutori feladatokat látnak el.